Egy atom-tengeralattjárót váratlan támadás ér. A hadsereg leküld egy speciális mentőcsapatot Aronnaux hadnagy (Lorenzo Lamas) vezetésével, de a mélyben nem csak ismeretlen szörnyek, hanem ismeretlen hajók is tartózkodnak. Hamarosan Nemo kapitány (Sean Lawlor) hajóján találják magukat, akinek feltett szándéka egy víz alatti város megépítése, ahonnan rettegésben tarthatja a földi életet. Ehhez kapóra jön a tudós Aronnaux hadnagy és találmánya, ám a mentősök megszöknek a Nautilusról, hogy befejezzék eredeti küldetésüket. Nemo azonban elvakultan üldözőbe veszi őket.