Rebecca, Diego és Emerson a rejtélyes 2024-es rab, Jack Sylvane után nyomoznak. A férfi a többi rabtársával és őrrel együtt eltűnt, ám rejtélyes módon napjainkban újra megjelent. A kíméletet nem ismerő Jacket korábban rablásért, majd sorozatos gyilkosságért ítélték el.
Miután sikerült elkapni Jack Sylvane-t, Rebecca és a Doki folytatja a kutatást, amire Hauser is sarkallja őket. Hamarosan felbukkan egy újabb gyilkos a 63-asok közül, aki válogatás nélkül öl, s még Lucyt is eltalálja. Rebecca ismét a férfi múltjában talál egy utalást, ami elvezeti őket a szabadon kószáló egykori alcatrazi rabhoz.
Elrabolnak egy kisfiút, akinek az ágyán csak egy krizantémot hagy a tettes. A Doki segítségével Rebecca rájön, hogy ismét a 63-asok egyikéről van szó, aki valaha megölte a saját kisöccsét, felnőttként pedig további kisfiúkat is. Ismerve Nelson módszerét, az idővel kell versenyt futniuk, hogy a legújabb áldozat, Dylan életét megmenthessék.
Újabb arc tűnik fel a jelenben a 63-asok közül: Cal Sweeney, aki profi kasszafúró. Sorozatban fosztja ki a bankok széfjeit, de nem pénzt keres, hanem egy régi emléktárgyat, amely valamikor az övé volt az Alcatrazban, és amely a bukását okozta. Hauser és Rebecca veszélyes túszszedési ügybe kerül.
A 63-asok csoportjából ezúttal egy fegyőr kerül elő, aki ráadásul igen jól ismerte Rebecca "nagybátyját", Ray Archert. Guy Hastings, aki a családja és az elítéltek nyomára igyekszik bukkanni, elrabolja Rayt, hogy rajta keresztül kapja el Tommy Madsent. A hajsza során Rebecca újabb titkokat tud meg a családjáról.
Paxton Petty a koreai háború veteránja, s úgy érzi, hogy igazságtalanul bántak el vele. Bosszúból taposóaknákat helyezett el San Francisco-szerte, amelyek több áldozatot szednek. Az Alcatrazban Lucille Sengupta olyan kísérletnek vetette alá, amelynek révén kiszedhette belőle titkai egy részét, ám a jelenben Rebeccának és Madsennek ismét el kell kapnia őt, mielőtt a taposóaknák újabb és újabb áldozatokat követelnének.
Johnny McKee az egykori Verne-rajongó komoly tudást halmozott fel a természetben is előforduló mérgező anyagokról, és ezért is került az Alcatrazba. Amikor 2012-ben ismét felbukkan, a régi bosszúvágy hajtja, és több helyen is tömeggyilkosságot követ el. Hauser eközben elhatározza, hogy a jelenbe ugyancsak "átkerült" Beauregard doktorra bízza a kómában levő Lucy-t, hátha tud vele kezdeni valamit.
A 63-asok csoportjához két fivér is tartozott, akik váratlanul, egy viharos éjszakán bukkannak fel újra az Alcatrazban. A kegyetlen Ames fivérek foglyul ejtik a Dokit, és Hausert is megsebesítik, miközben a kazamatákba próbálnak lejutni, hogy a 60-as években is keresett megtalálják. Arra is fény derül, hogy az ügyhöz James igazgatónak is köze lehetett, de Rebecca "nagybátyja", Ray sem egészen ártatlan.
Sonny Burnett egykoron számos gazdag embert rabolt el, akikért százezres nagyságrendű váltságdíj ütötte a markát. Egyik áldozata, egy gyereklány azonban megszabadult tőle, majd később megszerezte az immár börtönben ülő Burnett elrejtett pénzét. Burnett, aki szintén 63-as, most felbukkan, és módszeres bosszúhadjáratba kezd Helen és családja ellen.
Egy fekete férfit az 50-es évek végén egy fehér lány megölésével gyanúsítottak, és noha ártatlan volt, az Alcatrazba csukták. A 63-asok csoportjából most ő bukkan fel, és a múlttól eltérően immár valóban gyilkos. Emlékeiből azonban egyre több fény derül az Alcatrazban alkalmazott, és James igazgató által is támogatott elektrosokkos, valamint vércserés emberkísérletekre.
Alcatraz egyik foglya, a fojtogató Webb Porter több nőt gyilkolt meg, és eközben szinte katatónná vált. Dr. Sengupta úgy véli, hogy zeneterápiával gyógyítható még a fiú, és próbálkozását siker is koronázza. Amikor 2012-ben Porter ismét felbukkan, és újra nőket gyilkol, Rebecca és a Doki a nyomába erednek. Porter hamarosan nem várt módon viszonozhatja Lucy felé az egykori segítséget.
A zseniális sakkjátékos Garrett Stillman már az Alcatraz előtt, de a börtönben is mesteri terveket tudott kovácsolni, és profi módon, mások segítségével intéztette a legnagyobb akcióit is. A jelenben banki pénzszállítmányokra csap le, de rejtélyes módon nem a pénzért, hanem a páncélautókért. Lucy, a Doki, és Rebecca rájönnek, hogy a háttérből Rebecca nagyapja, Tommy mozgatja a szálakat, de arra is fény derül, hogy 1960-ban James igazgatónak volt egy titkos, elzárt rejtekhelye az Alcatraz kazamatáiban.
Rebecca közvetlen közel kerül Tommy Madsenhez, akiről kiderül, hogy központi szerepe van a '63-asok csoportjában. Tommy mindent megpróbál, hogy megszerezze a titkos ajtó kulcsát, de az végül a Doki segítségével Hauserhez kerül. James igazgató rejtekhelyén egy különleges berendezést találnak, amelynek segítségével nyomon lehet követni minden '63-ast - de mindezt beárnyékolja Rebecca súlyos sérülése, akit Tommy döfött le.
Sarah Jones 
Sam Neill 
Jorge Garcia 
Parminder Nagra 
Jason Butler Harner 
Jonny Coyne 
Robert Forster 
