A harmadik évad elején még mindig Batwoman gondoskodik Gotham biztonságáról, és Batwing is csatlakozik hozzá. De Luke hamar rájön, hogy még nem igazán tudja kezelni az öltözékét. Alice-t Arkhamban tartják bezárva, Sophie viszont kiélvezi a szabadságát.
Felbukkan a mocsárlakó Killer Croc új inkarnációja Gothamben, és sorban szedi áldozatait. Batwomannek és Alice-nek kivételesen együtt kell működniük, ami nem lesz problémamentes.
Amikor Ryan felkerül Gotham „30 sikeres 30 alatt” listájára, Luke elkezd aggódni amiatt, hogy Jada mit fog szólni ahhoz, hogy Ryannek – a Wayne vállalat átmeneti vezérigazgatójának – a növekvő népszerűségében Marquis-nak is komoly szerepe van.
Ryan elhívja Sophie-t a Jadánál rendezett vacsorára, hogy segítsen kideríteni, hogy mit tud az anyja a Wayne vállalatról. Ám az este váratlan fordulatot vesz, mert a családias összejövetelt megzavarja egy hívatlan vendég.
Egy kerti fészerben tett nyugtalanító felfedezés miatt Renee Montoya Ryanhez siet, hogy elérje, a városban magas riadókészültség legyen érvényben. Elmélete szerint egy denevértrófea új gazdatestet fogott be, a következmények pedig átszövik majd Gothamet.
Ahogy Ryan családi viszonyai egyre bonyolultabbá válnak, ő is a denevércsapat tagjai közé kerül, Luke és Mary közé. Eközben Alice új társat talál magának.
Mary és Alice nővérekként egyre közelebb kerülnek egymáshoz, míg Ryan, Luke és Sophie mindent megtesznek azért, hogy megállítsák őket. Még Renee Montoya veszélyes javaslatát is fontolóra veszik, amely végre megszabadítja Gothamet Pamela Isley-tól.
Minden jel arra utal, hogy Pamela Isley újra felbukkant Gothamben, ezért Ryan, Sophie és Luke megpróbálják felkutatni az eredeti Méregcsókot. Amikor Maryt furcsa erő keríti hatalmába, Alice készen áll rá, hogy megvédje a mostohatestvérét.
Amikor már úgy tűnt, hogy nem fordulhatnak rosszabbra a dolgok, megint felmerül a veszély, hogy nyilvánosságra kerül Batwoman kiléte, és Gotham főgonoszai egyesítik erejüket. Eközben Sophie és Luke küldetésre indul, Alice pedig bogarat ültet Mary fülébe.
Ryan, Sophie és Jada megtervezik, hogyan állítsák meg Marquis-t, míg Mary próbálja helyrehozni, amit Méregcsókként elrontott. Eközben Alice egyre inkább szétesik, ahogy a démonaival küzd.
A harmadik évad bombasztikus fináléjában Batwoman és riadt csapata kénytelen versenyt futni az idővel, mert Marquis gonosz terve olyan méreteket öltött, amire senki sem számított Gothamben, és amit senki sem látott előre.
Javicia Leslie 
Rachel Skarsten 
Meagan Tandy 
Nicole Kang 
Camrus Johnson 
Nick Creegan 
Robin Givens 
