Csillagkapu - Atlantisz — 3. Évad

A Dr. Weir által vezetett expedíció megérkezik az Ősök elveszett városába. Hamar új barátokra tesznek szert: az athosiakra és egy új, erős ellenségre: a lidércekre. Az expedíciónak a Földtől elvágva kell túlélniük az új galaxisban, miközben az Ősök technológiáját kell megfejteniük és utat kell találniuk a lidércek elpusztítására. Sheppard őrnagy összeállít egy csapatot, aminek tagjai ő maga, Dr. Rodney McKay, Aiden Ford hadnagy és az athosi vezető, Teyla Emmagan, aki Atlantisz első kapcsolatteremtő csapatát szolgálja. Első misszióik egyikében egy másik ellenséget is találnak, a Genii-t, egy emberi katonai civilizációt az 1950-60-as évek technológiai szintjével. Az évad végén a lidércek megkezdik Atlantisz ostromát.

A város megsegítésére megérkezik a Daedalus nevű csatahajó, melynek segítségével megelőző támadásra indulnak Atlantisz védői, és magával hoz a fedélzetén egy teljesen feltöltött ZPM-et, amely a város pajzsát látja el energiával. Megkezdődik az ostrom, ami közben Ford egy bizarr átalakuláson megy át: félig lidérc, félig ember lesz. A lidércek táplálkozáskor egy enzimet bocsátanak az ember testebe, ami megerősíti a szívet, hogy az áldozat ne haljon meg idő előtt.] Ez alapvetően megváltoztatja az expedíció tagjaihoz fűződő kapcsolatát. A lidérc támadást sikerül visszaverni. Az évad fő történeti szála a Carson Beckett által felfedezett retrovírus, amely képes egy lidércet emberré változtatni. A retrovírust tesztelik egy lidércen, Michaelen is, de változó sikerekkel. Az évad végén az expedíciónak szövetséget ajánl Michael csoportja, ám a végén elárulják őket. Az évad azzal zárul, hogy megtudjuk: a lidércek a Föld felé tartanak.

A negyedik évad elején Atlantisz sikeresen megmenekül a replikátoroktól. A város egy hasonló, hatalmas óceánokkal borított bolygón talál menedéket, mint Lantea. A csapat egy rajtaütési akció keretében ZPM-eket szerez a replikátorok anyabolygójáról, ám fel kell áldozniuk a nanitok segítségével meggyógyított Dr. Weir-t. A bolygón közben elkövetnek egy óriási hibát, feltörik, és átírják a replikátorok vezérlő kódját, és aktiválnak egy olyan utasítást, melynek eredményeképp harcba szállnak a lidércekkel. Ám a replikátorok eléggé sajátságos módon teszik ezt, az embereket kezdik el irtani, mivel nélkülük a Lidércek éhen halnak. Az évadban sikerrel veszik fel a harcot a replikátorokkal. A Lidércek, és az emberek összefognak, és egy mesterségesen kreált replikátor segítségével megsemmisítik a replikátorokat, és a bolygójukat is. A korábban a bolygón fogságba esett Dr. Weir azonban pár replikátorral az ősök felemelkedéséhez hasonló formában, energiává alakulva "túléli" a katasztrófát. Az évad második felében ismét különböző feladatokat teljesítenek, majd egy Lidérc támadás elhárítása érdekében a Midway Station-t is felrobbantják. Az utolsó részekben egy betegség söpör végig a galaxisban, az emberek nagy részét megölve. A vírus mögött Michael áll, aki Teylát is elrabolja, születendő gyermekével pedig komoly, egyelőre ismeretlen tervei vannak. Az évadzáróban Sheppard egy baleset következtében előreutazik az időben, ahol segítségére van egy Rodney képére alkotott hologram. A hologram segít visszajutni az ezredesnek a saját idejébe és felfedi, milyen következményei voltak az eltűnésének: Az expedíció tagjai szétszéledtek, meghaltak, Michael pedig győzött, és uralma alá hajtotta a galaxist. Visszatérve saját idejébe, mentőakciót indítanak Teyla megmentésére, de csapdába sétálnak, és ott rekednek Michael összeomlott bázisának romjai között.

Az első részekben sikerült megmenekülniük a romok alól és kiszabadították Teyla-t is Michael fogságából. A 4. részben megtalálják az űrben sodródó Deadalust ami, egy alternatív valóságból érkezett. Atlantisz új vezetőt kap Richard Woolsey személyében. Shepperdék üzletet kötnek egy Todd nevű lidérccel annak érdekében, hogy a Michael által kifejlesztett - a lidérceket normál táplálkozásra késztető vírust elterjesszék, ezért Teylát mint lidérckirálynőt bejuttatják egy kaptárba. Michael elfoglalja Atlantisz irányítótermét és a kapuszobát a Shepperdéktől lopott ugróval, végül sikerül megszabadítani a várost tőle és a hibridjeitől. A következő részben Sheppard Alezredes találkozik egy régi ismerősével (Kolya). Majd, mint azt már gyanítottuk Rodney és Dr. Jennifer Keller összejönnek és ebből lesz egy szép kis szerelem. Az első találkozás című rész után mikor Todd neki akarta vezetni a Deadalust és benne megölni így az összes embert, aki a fedélzeten tartózkodott most újra kapcsolatba lép Atlantisszal, hogy segítséget kérjen. A következő részben ismét Dr. Keller kap főszerepet, mikor a tudata kicserélődik egy másik nőével az ős terminálnak köszönhetően, pechjére a tudata egy olyan nőével cserélődik ki, akit éppen ki akarnak végezni, szóval Sheppardéknek sietniük kell, hogy meg mentsék és kikapcsolják a terminált. A következő egy földi rész mely egy kicsit más, mint azt megszokhattuk, itt nem Atlantiszon játszódik a történet, hanem itt a Földön, mindenkinek egy kicsit más a szerepe. Itt a középpontban Sheppard nyomozó áll, aki egy sorozatgyilkost akar elfogni, aki nem más, mint egy Lidérc, aki zabálja az embereket, majd mikor megtalálja, ő maga is meghal a sérüléseinek köszönhetően, de még mielőtt ez megtörténne, a Lidérc elküldi a Föld koordinátáit egy másik valóságba. Ebből indul ki az évadzáró epizód, ami már a mi valóságunkban játszódik. Ebben a részben újra beköszönt Todd, kedves barátunk, aki nem éppen jó hírrel szolgál a csapatnak. Az egyik volt „kollégája” lelőtte őt és elárulta és ellopta tőle a ZPM-jeit és most egy Zéró Pont Modullal felturbózott kaptárhajót épít, ami ha elkészül, sérthetetlen lesz. Ezt Sheppardék nem nézhetik tétlenül, így hát oda mennek megnézni egy álcázott ugróval, ami sajnos hatástalan, mert a kaptár ZPM-eknek köszönhetően látják az álcázott ugrót, úgyhogy lelövik, de még mielőtt végük lenne jön a Deadalus ami alig tesz kárt a kaptárban de a Deadalus súlyos károkat szenved. Majd a kaptár hirtelen elviharzik, azt hiszik azért mert nem akart súlyos károkat szenvedni de nem így van, azért ment el mert amit a Lidérc elküldött üzenetet a kaptár éppen fogta és most a Föld felé tart. Ezt Sheppardék nem hagyhatják így vissza mennek Atlantiszra, sajnos a többi földi hajó is megütközik a kaptárral így ők sem tudták megállítani, így az viharos gyorsasággal jön a Föld felé. Sheppardöt visszahívják a Földre, hogy segítsen, így Atlantiszt nem ő irányítja majd, hanem régi barátunk Dr. Carson Beckett. Sheppard nem sok sikerrel indít, mert a lidércek elpusztítják a széket így a Föld védtelen a támadással szemben. Sheppard feljut a kaptára az atombombával felszerelt siklójával és fel akarja robbantani úgy, hogy ö is rajta van, de akkor közbe szól Rodney, hogy ne tegye, mert ők is ott vannak a kaptáron, majd megérkezik Atlantisz, ami csatát vív a kaptárral majd Sheppardék élesítik a töltetet elmenekülnek a kaptáron lévő kapun át így a kaptár elpusztul és Atlantisz leszáll a Földre, és így Happy End-el végződik a történet. Majd ebből következik a Stargate: Extinction című film, ami arról fog szólni, hogy Atlantiszt most visszaengedik a Pegazusba, vagy sem, hiszen most már a város az egyetlen, ami meg tudja védeni a Földet bármilyen támadás ellen, és szó lesz benne Sheppard ős génjéről is, hiszen ő benne alapvetően megvolt a gén.